与苹果相比，为了保护樱桃树和果实产量免受病虫害侵袭，其施药次数显著减少。然而，考虑到樱桃从开花到收获的周期比苹果短得多，残留物和环境污染问题在樱桃生产中同样不容忽视。
植物病理学文献记载了樱桃的24种真菌病害。在保加利亚已发现的病害中，最具经济重要性的是樱桃叶斑病和褐腐病。
樱桃叶斑病是甜樱桃和酸樱桃的关键病害，它决定了每年杀菌剂的施用次数。该病害对樱桃生产造成重大损害，导致树木过早落叶，这不仅降低了果实的产量和质量，还会在低温冬季导致树木发生冻害。樱桃叶斑病的危害主要发生在叶片上，仅在某些品种的果柄上也会发生。保护樱桃免受叶斑病侵害最可靠的方法是种植抗病或感病性极弱的品种。在保加利亚，Velichkova于1975年首次进行了樱桃品种对叶斑病感病性的研究，发现在观察的品种中，拿破仑、宾库和早大黑感病性最高，而锡利斯特拉樱桃和索菲亚早熟24号感病性较弱。后来，在丘斯滕迪尔农业研究所对40多个品种的感病性进行了评估。研究确定，砧木、施肥量和土壤表面管理系统会影响樱桃叶斑病的侵染程度。
褐腐病是保加利亚以及种植该树种的许多其他国家中经济重要性排名第二（在某些年份是第一）的病害。它由链核盘菌属（Monilia）的三种真菌引起。
保护樱桃免受褐腐病病原体侵害的措施包括卫生修剪和杀菌剂喷洒。
卫生修剪用于去除受感染的枝条，此外，必须从树冠上清除、收集并销毁所有僵果。考虑到感染会通过受感染的枝条和果实上形成的孢子再次发生，这些措施需每年实施。仅靠卫生措施无法解决褐腐病问题，因此需要进行杀菌剂喷洒以保护树木免受感染。喷洒在芽萌发前、"粉红芽"期、"开花"期和花后立即进行，以保护花朵、幼果和新梢；随后，在成熟前的一段时期进行喷洒以保护果实。
根据丘斯滕迪尔农业研究所进行的一项研究确定，果实裂果后，导致果实腐烂的主要病原体是早褐腐病（Monilinia laxa）、晚褐腐病（Monilinia fructigena）、灰霉病（Botrytis cinerea）、链格孢腐烂病（Alternaria alternata）。也发现了由根霉腐烂病（Rhizopus stolonifer）和苦腐病（Glomerella cingulata）造成的轻微损害。
为了减少成熟期降雨引起的裂果损失，从而间接减少果实腐烂，建议种植抗裂或弱感裂果的品种；喷洒氯化钙、RainGard、SureSeal；并对树木进行遮盖。
李树红叶斑病
在保加利亚，该病害在所有李树种植区普遍发生，每年都对感病品种造成损害。
在保加利亚种植的李树品种中，丘斯滕迪尔蓝李、安娜·施佩特、维多利亚女王、加布罗夫卡和查查斯卡·纳伊博利亚对该病害高度敏感。在格林组中，最敏感的是大绿格林。感病性较弱的有：柳比梅茨·赫拉莫维赫、索菲亚2号、阿沙坦、吉莱和斯坦利。
种植者需要了解的是，针对红叶斑病的首次喷药可以与防治李树叶蜂幼虫的喷药结合进行。
关于樱桃和李树危险病原体的更多详细信息，请参见《植物保护》杂志2018年第8/9期副刊。
