对于仁果类果树，修剪在树木冬季休眠期进行，但对于核果类树种，这种做法是禁忌的，因为它们对损伤更敏感——会形成溃疡和坏死，并伴随流胶。伤口是各种病原体入侵的开放门户。修剪从仁果类开始，而核果类则留到该时期末期——即三月进行，桃树则在花芽形成阶段、临近开花前进行。
对于核果类树种，通过剪除交叉枝来打造疏松的树冠也非常重要。良好的空气流通和避免湿气滞留，可以防止为穿孔病、花腐病、果实褐腐病等感染创造有利条件。
褐尾蛾（Euproctis chrysorrhoea L.）的幼虫
继续进行卫生修剪，以去除受损、有溃疡、任何异常肿胀、丛枝（密集但细弱、形似扫帚的小枝，在李树上最常见）的嫩枝和枝条。剪除褐尾蛾（Euproctis chrysorrhoea L.）和山楂巢蛾（Aporia crataegi）的幼虫巢穴。它们通常位于枝条顶端和树冠外围，由树叶与丝网编织在一起形成。在这些修剪过程中，天幕毛虫（Malacosoma neustria L.）的卵清晰可见；蛾子将卵呈螺旋状产在细枝周围，看起来像由大量灰白色卵粒紧挨在一起组成的小环。同时刮除树干上的舞毒蛾（Lymantria dispar）卵块。刮除后形成的伤口部位最好用专门的果园树木伤口敷料覆盖。
修剪期间，通过回剪到基部，去除感染白粉病的苹果树芽和嫩枝。病芽很容易与健康芽区分——它们更尖、更张开，一年生枝条覆盖着一层白色的霉状物。它们的节间缩短，顶端枯死。再次检查枝条，并去除所有残留的僵果，这些僵果是许多病害的携带者。在苹果树和李树上，应特别注意修剪根蘖，因为一些害虫在其上越冬。
仁果类果树中的火疫病感染
若仁果类果树确认感染火疫病，则在休眠期（十二月、一月和二月）的干燥天气进行修剪。病枝在感染部位下方约70厘米处剪除，并从果园移出后焚烧。修剪工具应在10%漂白剂、福尔马林或变性酒精中消毒。
修剪后，直径大于2.5厘米的伤口应立即用油基漆、果园树木伤口敷料或即用型伤口密封剂（膏）覆盖。此项措施是强制性的，因为它限制了次生感染的侵入，并支持愈伤组织的形成过程。
修剪下来的枝条从果园移出并焚烧，或用碎木机粉碎后用作有机肥料。
对于草莓，需清理植株，收集并焚烧干枯的叶子。
对于树莓，在灌木周围进行锄地，以掩埋落叶。剪除所有带有各种斑点或增生的茎秆和嫩枝。喷洒2%波尔多液。
对于黑醋栗和红醋栗，同样进行锄地以掩埋落叶，并剪除感染白粉病的嫩枝。它们的尖端会变暗和扭曲。
果园卫生计划还包括：挖除所有死亡和患病的树木，剪断折断的枝条并清理植物残体，松耕树盘土壤。在规划果园作物布局时，应考虑到播种或种植蜜源植物；这些植物为许多有益物种提供庇护所和食物，这些有益物种能消灭大量有害昆虫和幼虫。蜜源植物包括苜蓿、三叶草、莳萝、柠檬香蜂草。在果园中种植灌木植物也是可取的，食虫鸟类可以在其中筑巢。
国家农业咨询服务中心（地区办事处——丘斯滕迪尔）与农业科学院下属的丘斯滕迪尔农业研究所，于2022年在丘斯滕迪尔农业研究所的实验果园举办了多场在线实践研讨会，内容涉及樱桃和李树结果与更新修剪的基本原则。将演示苹果树的"细纺锤形"整形系统。Sotirov副教授、博士也演示了苹果树的"细纺锤形"整形系统。
