Son yıllarda, kök ve kök boğazı çürüklüğü ile karakterize hastalıklar buğday ve arpada giderek artan sıklıkta ve daha geniş alanlarda gelişmektedir. Zarar fungal kökenlidir ve hasarların "gizli" niteliği - köklerde ve birinci-ikinci boğuma kadar olan sap tabanlarında nekroz - nedeniyle teşhisi karmaşıktır. Sonrasında, hasta bitkiler gelişimde geri kalır ve verim oluşturamaz, bu nedenle bu hastalık grubu en zararlılar arasında yer alır.

Ülkemizde en yaygın görülen hastalıklar Rhizoctonia kök çürüklüğü (R. cerealis), kök çürüklüğü (Kök yanıklığı) (Gaeumannomyces graminis var. tritici), göz lekesi (Tapesia yallundae, sin. Pseudocercosporella herpotrichoides) ve Fusarium kök ve kök boğazı çürüklüğüdür (Fusarium spp.). Bu hastalıklarda nekroz genellikle toprak üstü kısımlara doğru ilerler, bu da sap kırılmasına, bitkilerin yatmasına veya beyaz başaklara neden olabilir. İlk üç hastalık için lekelerin gelişimi karakteristiktir, oysa Fusarium daha geniş alanları ve bitkilerin başaklarını da etkileyebilir.

Bazı kış dönemleri (2017 de dahil) kar küfü (Microdochium nivale (= Fusarium nivale) gelişimi için de uygundu. Bu hastalıkta zarar sap tabanlarında lokal tiptedir, ancak patojen yaprak lekesine de neden olabilir.

Yukarıda bahsedilen hastalıkların etmenleri farklı funguslar olsa da, esas olarak bitki artıkları ve toprak yoluyla korunurlar; kısa münavebe (veya bunun eksikliği) ve daha ılıman kışlar inokulumun birikmesini ve zararın artmasını destekler. İklim faktörleri üreticilerin kontrolü dışındadır ve bu patojenlere karşı kimyasal mücadele (göz lekesine karşı erken dönem uygulaması kısmi bir istisna oluştursa da) etkili değildir. Bu nedenle, kayıpları azaltmak için tarımsal önlemlere öncelik verilmelidir. En önemli rol onarıcı bir münavebe tarafından oynanır. Sağlıklı tohum kullanımının kaliteli bir tohum ilaçlaması ile birleştirilmesi, erken ekimden kaçınılması ve optimal gübreleme de kışlık tahıl ürünlerinin kök sistemi ve sap tabanı hastalıklarının neden olduğu zararı sınırlamaya yardımcı olur.