小麦作物受多种病害影响，主要病原体是真菌，较少情况下是病毒和细菌。最常见的病害包括：
真菌性病害
小麦白粉病。
由禾本科布氏白粉菌引起。除小麦外，所有禾谷类作物均会受害，玉米、水稻和粟除外。在所有种植谷物的地区均有发生。可导致减产10-30%，并降低收获谷物的品质。该病害的病原体在植物的整个营养生长期均可发育。所有绿色器官均会受害，主要是叶片。受害器官表面会形成污白色霉层，仿佛撒上了面粉。这些霉层面积增大、融合，最终密集覆盖大片区域，后期呈浅灰色。
条锈病。
由条形柄锈菌引起。在保加利亚，该病害分布有限，出现在具有特定生态条件的地区。主要危害小麦、大麦和黑麦。叶片、叶鞘受害，茎秆受害较少。
叶锈病。
由隐匿柄锈菌引起。保加利亚的条件对病原体极为有利。症状特点是出现椭圆形或略呈长形的锈褐色夏孢子堆。它们常常增大面积，覆盖叶片相当大的部分，导致叶片卷曲和干枯。籽粒细小，烘焙品质受损。
秆锈病。
由禾柄锈菌引起。病害症状最常出现在茎秆和叶鞘上，较少出现在植物的其他绿色部分。
矮腥黑穗病。
由小麦矮腥黑粉菌引起。该病害是高海拔较冷地区的典型病害。染病植株茎秆严重缩短，比正常植株矮2至4倍。部分分蘖的穗仅从旗叶叶鞘中抽出一半，而其他分蘖的穗则完全不能抽出。
普通腥黑穗病（腥黑穗病、硬黑穗病）。
由小麦网腥黑粉菌和小麦光腥黑粉菌引起。第二种病原体在保加利亚较少见。该病害对该国重要性较低。
散黑穗病。
由小麦散黑粉菌引起。从受害植株最上部叶片的叶鞘中，抽出一个完全被破坏并转化为一团黑粉菌孢子的穗。孢子到达健康植株的花器，从而感染籽粒，并在籽粒中越冬。
基腐病。
由禾谷镰孢引起。
雪霉病。
由雪腐格氏霉引起。这是一种土传病原体，在植物发育的早期物候阶段侵染植株，可导致严重损害。
穗腐病。
由玉蜀黍赤霉和禾谷镰孢引起。在籽粒乳熟或面团成熟期，小穗缓慢褪色。严重感染的穗不育，而受害较轻的穗则形成皱缩的种子。
早期叶枯病。
由禾生球腔菌引起。症状为叶片上出现斑点，首先出现在下部叶片上。斑点逐渐扩大并融合，中心褪色，边缘变黄或变褐。
长蠕孢叶斑病。
由禾旋孢腔菌引起。以不同类型的损害形式出现——褐色斑点、黑胚或根腐。
茎基腐病和寄生性倒伏。
由禾谷丝核菌引起。植株在茎基部受侵染。该处形成黄褐色、呈长椭圆形、具深色边缘的斑点。若损害发生在1-2节期之前，植株会腐烂并倒伏。
全蚀病。
由禾顶囊壳引起。该病害也发生在大麦和黑麦上，但最典型的是小麦。出现在具有碱性反应的轻质土壤、无轮作且农艺措施水平低的田块。症状早在幼嫩、新出土的植株上即可出现，植株生长滞后，叶片变黄干枯，常常死亡。
病毒性病害
大麦黄矮病。
一种广泛传播的病毒病，由大麦黄矮病毒引起。该病毒通过几种寄生在禾谷类作物上的蚜虫从病株传播到健康植株。在保加利亚，最广泛的传播媒介是禾谷缢管蚜和麦长管蚜。植株生长受到严重抑制（矮化），分蘖增多，叶片呈现强烈的黄色或红色。
小麦矮缩病。
由小麦矮缩病毒引起。
小麦线条花叶病。
一种病毒病，由小麦线条花叶病毒引起。通过机械方式（汁液）和主要由几种螨类传播。在保加利亚，最广泛的传播媒介是郁金香瘤瘿螨和一种瘿螨。主要危害小麦，但也侵染大麦。表现为出现小斑点，随后发展成纵向条纹直至叶尖。病株呈现褪绿外观。病株的分蘖弱、矮小，几乎从不达到抽穗期。
细菌性病害
基腐细菌病。
由丁香假单胞菌引起。症状表现在三个方向：根和茎腐；叶、茎和穗部斑点；穗畸形伴随不育或形成皱缩籽粒。
